Trải qua thời gian, ngôi đền bị hư hỏng, được trùng tu lại nhiều lần. Hiện nay phần kiến trúc cơ bản, những bức trạm trổ, đường nét hoa văn, hiện vật... còn giữ lại tại đền đều thuộc thời Nguyễn.

Hiện Đền Thượng còn lưu giữ được 5 đạo sắc phong của các triều vua; hiện vật cổ nhất còn giữ được là sắc phong của vua Cảnh Hưng năm thứ tư (1743). Nội dung các sắc phong của vua ban vừa mang dấu ấn lịch sử vừa mang tính chất văn chương, ca ngợi phẩm chất cao quý và sức mạnh linh thiêng của các nương thần phù trợ cho nước, cho dân.

Đền Thượng là một trong những ngôi đền nổi tiếng linh thiêng của Tuyên Quang. Hàng năm, đền thu hút rất đông khách đến tham quan, vãn cảnh. Việc Đền Thượng được xếp hạng di tích cấp quốc gia sẽ tạo điều kiện để thành phố Tuyên Quang phát triển du lịch văn hóa tâm linh.